一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
点击Tools,选择Sequence Text View:
还可以看到如下序列信息:
4. 以上只是该基因的一些信息,可以用于查找相应的UTR等区域,下面进入正题,寻找promoter区域。还是拉到如下图位置,点击FASTA:
5. 基因位置信息如下图:
6. 一般认为基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域,所以将基因上游2 kb序列调出来:
7. 复制上述序列就是基因的启动子序列了。
2查找基因的启动子区域-UCSC
1. 打开UCSC:http://www.genome./,点击Table Browser:
2. 按照下图所示填好基因相关信息,点击get output:
3.选择genomic:
4. 勾选Promoter/Upstream by选项,并将其改为2000 bases,然后点击get sequence:
5. 得到下面的序列信息,开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列,你可以跟NCBI上得到的序列比对一下,看看是不是一样的呢?
6. 当然查找promoter的网站有很多,比如UCSC,在这里就不介绍了,大家可以自行探索,或者加小编微信amateur_1988交流。
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